Bảng A
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Valencia 6 4 1 1 5 13
2 Swansea City 6 2 2 2 2 8
3 Kuban Krasnodar 6 1 3 2 0 6
4 St. Gallen 6 2 0 4 -7 6
Bảng B
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Ludogorets Razgrad 6 5 1 0 9 16
2 Chernomorets Odessa 6 3 1 2 0 10
3 PSV Eindhoven 6 2 1 3 -1 7
4 Dinamo Zagreb 6 0 1 5 -8 1
Bảng C
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Red Bull Salzburg 6 6 0 0 12 18
2 Esbjerg FB 6 4 0 2 0 12
3 Elfsborg 6 1 1 4 -5 4
4 Standard Liege 6 0 1 5 -7 1
Bảng D
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Rubin Kazan 6 4 2 0 10 14
2 NK Maribor 6 2 1 3 -3 7
3 Zulte Waregem 6 2 1 3 -6 7
4 Wigan Athletic 6 1 2 3 -1 5
Bảng E
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Fiorentina 6 5 1 0 9 16
2 FC Dnipro Dnipropetrovsk 6 4 0 2 6 12
3 Pacos Ferreira 6 0 3 3 -7 3
4 Pandurii 6 0 2 4 -8 2
Bảng F
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Eintracht Frankfurt 6 5 0 1 9 15
2 Maccabi Tel Aviv 6 3 2 1 2 11
3 APOEL Nicosia 6 1 2 3 -5 5
4 Bordeaux 6 1 0 5 -6 3
Bảng G
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Genk 6 4 2 0 5 14
2 Dynamo Kyiv 6 3 1 2 4 10
3 Rapid Wien 6 1 3 2 -2 6
4 FC Thun 6 1 0 5 -7 3
Bảng H
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Sevilla 6 3 3 0 5 12
2 Slovan Liberec 6 2 3 1 1 9
3 SC Freiburg 6 1 3 2 -3 6
4 GD Estoril-Praia 6 0 3 3 -3 3
Bảng I
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Lyonnais 6 3 3 0 3 12
2 Real Betis 6 2 3 1 1 9
3 Vitoria Guimaraes 6 1 2 3 1 5
4 NK Rijeka 6 0 4 2 -5 4
Bảng J
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Trabzonspor 6 4 2 0 7 14
2 Lazio 6 3 3 0 4 12
3 Apollon Limassol FC 6 1 1 4 -5 4
4 Legia Warszawa 6 1 0 5 -6 3
Bảng K
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 Tottenham Hotspur 6 6 0 0 13 18
2 FK Anzhi 6 2 2 2 -3 8
3 FC Sheriff 6 1 3 2 -1 6
4 Tromso IL 6 0 1 5 -9 1
Bảng L
XH Đội bóng Tr T H B +/- Điểm
1 PAOK Saloniki 6 3 3 0 4 12
2 AZ Alkmaar 6 3 3 0 4 12
3 Maccabi Haifa 6 1 2 3 -3 5
4 FC Shakhtyor Karagandy 6 0 2 4 -5 2
Chú ý: Đội bóng có dấu màu đỏ đã được lọt vào vòng tiếp theo.